Diploma (D2), Sarjana (S1), Pascasarjana (S2)
Dalam rangka mendirikan universitas negeri di Provinsi NTT, dibentuk Panitia Inti Pendiri Universitas Negeri di Kupang yang diketuai Gubernur NTT (waktu itu) W. J. Lalamentik dengan Sekretaris I Kapten El Tari dan Sekretaris II Drs. R. Karsono Kramadiredja. Panitia ini dilengkapi dengan 5 seksi yang anggotanya terdiri atas pejabat dan tokoh masyarakat di NTT. 14 Februari 1962: ditetapkan bentuk pimpinan universitas berdasarkan SK Menteri PTIP No.162/MP/62 dan Pengangkatan Catur Tunggal Provinsi NTT sebagai Presidium Universitas dengan ketua Muh. Salim, S.H. (Kepala Cabang Kejaksaan Tinggi di Kupang) dan Sekretaris Drs. S. Daud. Selain itu dibentuk pula Yayasan Universitas yang dipimpin oleh W. C. H. Oematan. 1 September 1962: ditetapkan berdirinya Universitas Negeri di Kupang berdasarkan Surat Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No.111 tanggal 28 Agustus 1962, dengan 4 fakultas: Pertanian, Peternakan, Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (FKK). 17 September 1962: Universitas Negeri di Kupang diresmikan. Karena beberapa alasan teknis maka belum semua fakultas dapat dilaksanakan. Untuk langkah pertama yang dibuka adalah FKK dan FKIP untuk jurusan: Ilmu Hukum, Ekonomi, Ilmu Hayat (di Kupang), Ilmu Pasti Alam, Pendidikan Bahasa Inggris (di Ende). 23 April 1963: Nama Universitas Nusa Cendana (Undana) baru diresmikan berdasarkan SK Presiden RI No.67 Tahun 1963. Nama tersebut dipilih dari 3 nama yang diusulkan: Nusa Cendana, Praja, dan Uurai. 1 Oktober 1964: dibuka Fakultas Peternakan (Fapet). 20 Mei 1965: dibuka Fakultas Hukum (FH) yang berstatus sebagai fakultas swasta di bawah Yayasan Berdikari. Tahun 1977: berdasarkan SK Menteri P dan K No.0621/O/1977 FH diintegrasikan dengan FKK menjadi Fakultas Ketatanegaraan, Ketataniagaan dan Hukum (FKKH) yang berstatus Departemen dengan 2 jurusan: Perdata dan Pidana. Tahun 1982: FKK berdiri sendiri, menyusul dibukanya Fakultas Pertanian (Faperta) dengan 2 jurusan: Agronomi dan Sosial Ekonomi Pertanian, dan Fakultas Non Gelar Teknologi (FNGT) dengan 2 jurusan: Teknik Sipil dan Penyuluhan Pertanian Terpadu (yang sudah ada sejak 1979, bernaung di bawah Fapet). Tahun 1983: Fakultas Ilmu Pendidikan diintegrasikan dengan Fakultas Keguruan menjadi FKIP. Tahun 1991: FNGT dihapus dan didirikan UPT Teknik membawahkan Jurusan Teknik Sipil, sedangkan Jurusan Penyuluhan Pertanian Terpadu dialihkan ke Faperta. Tahun 1994: dibuka UPT Perikanan dan Ilmu Kelautan dengan Jurusan Perikanan dan Ilmu Kelautan. Di UPT Teknik dibuka 2 jurusan: Teknik Elektro dan Teknik Mesin. Di Faperta dibuka Jurusan Ilmu Hama dan Penyakit Tanaman serta Jurusan Ilmu Tanah. Tahun 2001: dibuka Fakultas Kesehatan Masyarakat. Pada tahun ini juga dibuka program pascasarjana dengan tiga program magister: Manajemen Administrasi Publik, Manajemen Pembangunan Peternakan, Pengelolaan Sumber Daya Alam dan Lingkungan. Tahun 2002: dibuka Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alama (FMIPA) dengan 4 jurusan: Matematika, Biologi, Fisika, dan Kimia. Tahun 2004: dibuka program Magister Ilmu Hukum.
- Kampus Baru: Jalan Adi Sucipto, Penfui, Kelurahan Fatululi, Kecamatan Oebobo, P. O. Box 104, Kupang 85111, Nusa Tenggara Timur - Kampus Lama: Jalan Jend. Soeharto 72, Kelurahan Naikoten I, Kecamatan Oebobo, Kupang 85118, Nusa Tenggara Timur - Kampus PGSD: Jalan Perintis Kemerdekaan, Kota Baru, Kelurahan Fatululi, Kecamatan Oebobo, Kupang 85111 Nusa Tenggara Timur