Keberadaan santri pondok pesantren mendapatkan perhatian khusus dari LPDP. Selain beasiswa reguler, LPDP juga menyediakan beasiswa pascasarjana yang menyasar kalangan terdidik di pondok pesantren. Beasiswa santri LPDP ini menawarkan beasiswa jenjang S2. Sasaran Penerima Beasiswa Santri adalah santri yang diusulkan oleh pondok pesantren berdasarkan rekomendasi pimpinan pesantren dan Kementerian Agama dengan ketentuan sebagai berikut:

• Aktif sebagai pendidik, dan/atau tenaga kependidikan atau satuan-satuan pendidikan keagamaan yang diselenggarakan oleh pesantren sekurang-kurangnya 3 (tiga) tahun terakhir
• Alumni Program Beasiswa Santri Berprestasi (PBSB) dan/atau Ma’had Aly lulusan 2 (dua) tahun terakhir

Persyaratan Umum:

• Warga Negara Indonesia;
• Telah  menyelesaikan  studi  program  diploma empat  (D4)  atau  sarjana  (S1)  untuk  beasiswa  magister; program magister (S2) untuk beasiswa doktor.
• Tidak  sedang  menempuh  studi  (on  going) program magister untuk tujuan program magister ataupun doktor untuk tujuan program  doktor  baik  di  perguruaan  tinggi dalam negeri maupun perguruan tinggi di luar negeri;
• Memilih Perguruan Tinggi Tujuan dan program studi sesuai dengan ketentuan LPDP;
• Beasiswa hanya  diperuntukkan  untuk  kelas reguler dan tidak diperuntukkan untuk kelas-kelas sebagai berikut: Kelas Eksekutif;, Kelas Khusus;, Kelas Karyawan, Kelas Jarak Jauh, Kelas yang diselenggarakan bukan di perguruan tinggi induk;, Kelas  Internasional  khusus  tujuan  Dalam Negeri;, Kelas yang diselenggarakan di lebih dari 1 negara perguruan tinggi; atau Kelas lainnya yang tidak memenuhi ketentuan LPDP
• ? Mengisi profil diri pada formulir pendaftaran online;
• ? Menulis Personal Statement (tidak ada format khusus);
• ? Menulis komitmen kembali ke Indonesia dan rencana kontribusi di Indonesia pasca studi;
• ? Menulis Proposal Penelitian bagi pendaftar program pendidikan doktor.

Persyaratan Khusus:

• Mengunggah surat keterangan mengabdi sebagai pendidik dan/atau tenaga kependidikan di pondok pesantren atau satuan-satuan pendidikan keagamaan yang diselenggarakan oleh pesantren sekurang-kurangnya 3 (tiga) tahun terakhir, yang ditandatangani oleh pimpinan pondok pesantren.
• Bagi alumni Program Beasiswa Santri Berprestasi (PBSB) dan/atau Ma’had Aly lulusan 2 (dua) tahun terakhir, melampirkan dokumen berikut:
  • Surat Persetujuan untuk mengikuti beasiswa santri dari pimpinan pondok pesantren asal;
  • Surat keterangan penerima Program Beasiswa Santri Berprestasi (PBSB) dari Kementerian Agama c.q Direktorat Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren; khusus untuk alumni penerima  Program Beasiswa Santri Berprestasi (PBSB).
• Melampirkan riwayat pendidikan selain pesantren jika ada, yang sekurangnya meliputi nama institusi pendidikan, jenjang pendidikan, durasi waktu, lokasi, dan sertifikat atau ijazah
• Surat Rekomendasi dari Pimpinan Pondok Pesantren
• Bersedia  menandatangani/  menyetujui  surat pernyataan pada aplikasi pendaftaran saat akan melakukan submit (poin-poin terlampir)
• Pendaftar  jenjang  magister  paling  tinggi 42 (empat puluh dua) tahun.
• Pendaftar jenjang magister memiliki Indeks Prestasi Kumulatif (IPK) pada jenjang studi sebelumnya sekurang-kurangnya  2,75  pada  skala  4  atau  yang setara  yang  dibuktikan  dengan  transkrip nilai asli atau telah dilegalisir.
• Untuk pendaftar Lulusan Luar Negeri, nilai IPK dikonversi ke skala 4 melalui tautan https://www.scholaro.com/gpa-calculator/ atau hasil penyetaraan dari Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi dan hasil konversi atau hasil penyetaraan diunggah/dilampirkan bersamaan dengan transkrip nilai.  
• Khusus untuk Pendaftar Beasiswa Santri jenjang pendidikan Doktoral yang lulusan program magister hanya melakukan penelitian dan tidak memiliki IPK, wajib melampirkan ijazah, hasil sidang penelitian, dan transkrip nilai.
• Mengunggah dokumen sertifikat kemampuan bahasa Inggris yang masih berlaku dan diterbitkan oleh ETS (www.ets.org), PTE Academic (www.pearsonpte.com), IELTS (www.ielts.org), Duolingo English Test (englishtest.duolingo.com), atau Test of English Proficiency/TOEP  (plti.co.id)  dengan ketentuan sebagai berikut:
•  Pendaftar program magister  luar negeri skor minimal kemampuan bahasa Inggris TOEFL ITP® 500, TOEFL iBT 61, PTE Academic 50, IELTS™ 6.0, Duolingo English Test 95, TOEP 66.
• Sertifikat TOEFL ITP yang berlaku harus berasal dari lembaga resmi penyelenggara tes TOEFL ITP di Indonesia.

Dokumen aplikasi:

1. Biodata Diri (diisi online)
2. Kartu Tanda Penduduk (KTP)
3. Surat Keterangan mengabdi sebagai pendidik dan/atau tenaga kependidikan di Pondok Pesantren atau satuan-satuan Pendidikan keagamaan yang diselenggarakan oleh pesantren minimal 3 (tiga) tahun terakhir, yang ditandatangani oleh pimpinan Pondok Pesantren
4. Surat keterangan penerima Program Beasiswa Santri Berprestasi (PBSB) dari Kementerian Agama c.q Direktorat Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren (khusus alumni PBSB)
5. Scan Ijazah S1 (Asli atau Legalisir) atau SKL (Surat Keterangan Lulus)
6. Scan Transkrip Nilai S1 (bukan Transkrip Profesi)
7. Sertifikat Bahasa Asing yang dipersyaratkan dan Masih Berlaku (Asli)
8. Letter of Acceptance (LoA) Unconditional yang masih berlaku dan sesuai dengan Perguruan serta Program studi yang dipilih (jika ada)
9. Surat Rekomendasi dari Pimpinan Pondok Pesantren
10. Surat Pernyataan sesuai format LPDP (diisi online)
11. Profil Diri (diisi online)
12. Personal Statement (diisi online)
13. Komitmen kembali ke Indonesia dan rencana kontribusi di Indonesia pasca studi (diisi online)
14. Proposal Penelitian (khusus Doktor) (diisi online)

Lengkapi dokumen aplikasi yang diminta di atas untuk pendaftaran beasiswa Santri LPDP. Siapkan dalam format PDF untuk diunggah nantinya. Khusus poin 1, 10, 11, 12, 13, dan 14 diisi secara online di laman LPDP. Jadi terlebih dahulu buat akun di laman LPDP: beasiswalpdp.kemenkeu.go.id kemudian pilih "Beasiswa S2 LPDP" pada program beasiswa yang tersedia.